（一）、黨委辦公室： 負責市直基層單位的黨建工作，負責全系統基層領導班子考核、干部管理、理論學習、思想政治教育、精神文明建設、行業作風建設、紀律檢查、行政監察、軟環境建設、統戰、工會、共青團、婦委會、離退休干部管理、社會治安綜合治理、信訪和穩定工作、普法、計劃生育，負責機關黨務工作。研究制定衛生人才發展規劃，負責衛生人才的培養和引進；負責全系統干部人事、勞動工資、機構編制考核獎懲、衛生技術人員和技術工作的資格認定、職稱晉升工作。
（二）、秘書科： 組織綜合調研、文字綜合、協調機關政務，制定機關各項工作制度；負責重要會議組織、文件處理、會議紀要、檔案管理、機要保密、政務信息、督查督辦、新聞宣傳和機關事務管理、政務公開、安全保衛工作。研究制定衛生事業發展規劃；制定全系統財務收支計劃，統籌規劃與協調衛生資源配置；監督執行國家醫療衛生服務收費價格及藥品價格；負責衛生信息管理和統計工作；負責全系統的財務指導、監督、審計和基本建設、裝備、國有資產管理、招商引資、地產品銷售工作；負責機關的財務管理和后勤保障工作。
（三）、醫政科： 研究指導醫療機構改革；組織實施醫療機構發展規劃；貫徹法規和服務標準；執行醫務人員執業標準和實施地方醫療質量標準、服務規范；監督醫療機構醫療服務質量；依法監督管理采供血和臨床用血質量；協助有關部門對傷亡事件組織緊急救護；負責醫療安全和醫療糾紛信訪工作；對醫療廣告實施監督審查。研究擬定農村衛生、社區衛生服務發展規劃和服務標準；執行城鄉初級衛生保健規劃與政策的實施；研究基層衛生服務體系的改革；負責醫療機構的成立、變更、注銷、登記、年檢的初審和日常活動的監督指導；協助登記管理機關查處醫療機構違反衛生法規行為；負責管理醫療市場。研究擬定重點醫學科技發展規劃，確定衛生科技優先發展領域，指導醫學科技成果的普及應用；研究擬定醫學教育規劃，指導醫學教育工作；負責衛生技術人員規范培訓和繼續醫學教育管理及考核。貫徹國家中醫、中藥、中西醫結合及民族醫藥方針、政策；制定中醫藥發展計劃并組織實施，促進中醫藥科研成果轉化，協調中醫現代化工作。按規定管理有關干部的醫療保健工作；負責組織疾病、醫療糾紛、傷殘鑒定和征兵、招生體檢工作。
（四）、預防保健科： 組織實施有關衛生監督行政法律、法規，組織、協調、管理衛生監督工作；負責衛生監督工作的考核、評價、監察；負責衛生監督人員的培訓、考核、資格認證；負責職業衛生監察（包括礦山衛生監察）；負責各類衛生監督行政案件、重大突發事件的調查處理并做出控制；受理衛生監督行政案件的復議；對預防性健康檢查單位進行資格認證和管理。擬定傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病與公共衛生相關疾病的防治規劃和措施；組織對重大傳染病、地方病的綜合防治，組織調度技術力量，對重大疫情、病情實施緊急救治，防止和控制疫情、疾病的發生和蔓延。擬定婦幼衛生和提高出生人口素質發展的規劃、措施和技術標準；監督母嬰保健專項技術的實施；統籌協調健康教育工作。承辦市愛國衛生運動委員會日常工作。
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