（一）貫徹執行國家、省和吉林市關于衛生工作的方針、政策和法律、法規，研究起草地方性衛生規章制度并組織實施；落實國家衛生事業發展的總體規劃和戰略目標，研究提出全市衛生事業發展規劃，制定社區衛生服務發展規劃和服務標準，指導衛生規劃的實施。
（二）研究提出全市區域衛生規劃，統籌規劃與協調全市衛生資源配置，指導本地區域衛生規劃的實施。
（三）制定和實施全市農村衛生、婦幼衛生工作規劃；指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施。
（四）貫徹預防為主方針，開展健康教育，制定對人群健康危害嚴重的疾病防治規劃，組織對重大疾病的綜合防治。
（五）研究指導全市醫療衛生機構改革工作；貫徹醫務人員執業標準；研究制定并監督實施醫療質量標準和服務規范；負責監督管理本區域內各級各類醫療機構，負責審核批準200張病床以下的醫療機構設置和注冊。
（六）依法監督管理采、供血工作及臨床用血質量。
（七）研究制定全市重點醫學科技、醫學教育發展規劃；指導醫療衛生新技術開發。
（八）監督管理傳染病、地方病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生工作；負責管理與健康相關產品的審批和衛生許可證發放；負責職業衛生監察工作（包括礦山衛生監察）。
（九）制定全市衛生人才發展規劃；組織實施國家衛生人員職業道德規范；貫徹執行國家衛生機構編制標準和衛生技術人員資格認定標準。
（十）承擔市愛國衛生運動委員會日常工作。
（十一）組織調度全市衛生技術力量，對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、病情的發生和蔓延。
（十二）貫徹落實國家中醫藥工作方針、政策和法規，促進中醫藥現代化。
（十三）抓好本系統黨的建設工作，搞好所屬單位領導班子建設及干部隊伍管理。
（十四）承辦市委、市政府交辦的其它工作。
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