(一) 、綜合辦公室: 負責處理機關日常政務、事務工作;局長辦公會、局行政重要會議、重要活動的組織;重要事項的督查督辦;目標責任制的制定;負責調研、公文處理、文字綜合、政務公開、機要保密、檔案、印信管理、議案提案處理、信息、來信來訪、公務接待、機關保衛、后勤服務、綜合協調及社會治安綜合治理等項工作。
負責貫徹執行國家有關人事、勞資、教育、安全方面的方針、政策和法律法規;局屬單位編制、工資管理、人才交流、智力引進、大中專畢業生接收、復轉軍人安置、職工培訓、職工獎懲、交通科技、保險福利、技術職稱申報評定、職工扶貧及安全監督管理工作。
負責局機關和局屬單位的黨務、群團工作;局黨委會議的記錄;指導局屬單位黨的思想、組織、作風建設,并組織實施;考核、調整、任免局管干部以及青年干部的選拔和培養;發展、教育、管理黨員;負責宣傳報道(信息)和指導思想政治工作;負責離退休干部管理工作;負責黨風、黨紀、黨性教育和紀檢監察工作;負責精神文明建設、社會治安綜合治理、普法和工會工作。
(二)、財務審計科: 貫徹執行會計法及現行的財務管理規章制度;指導交通行業財務會計和審計工作;管理專項資金、預決算和利用外資的有關財務工作;負責局屬單位的財務審計監督;局屬單位行政負責人任期目標、離任審計及局機關財務管理工作。
(三)、公路科: 貫徹落實有關公路、水陸交通基礎設施建設工程管理的法律、法規和規章;負責公路、水陸建設項目的設計審查批復、招投標管理;組織實施重點公路、水陸建設項目管理;維護交通建設市場的公平競爭秩序;負責公路、水陸重點建設項目竣(交)工驗收。