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　　內設機構：

　　（一）人秘科。
協調處理政務和機關日常工作；做好重要會議的組織和會議決定事項的督辦工作；負責機關、直屬事業單位和鄉鎮街區畜牧獸醫站的人事、勞資和檔案管理工作；負責文秘、保密、信訪、信息、督查、行政復議、四防安全、車輛管理和接待等工作；負責全系統離退休干部的管理服務工作；監督管理直屬事業單位編制及經費核定工作；負責直屬單位財務審計、監督及國有資產管理工作；負責管理牧業專項資金。
（二）牧業發展科。
研究制訂全市牧業發展規劃和年度計劃并組織實施；組織實施地方牧業行業標準和技術規范；監督、檢查牧業行業國家標準執行情況；對牧業發展中資源配置、結構布局及宏觀調控等重大問題進行調研、規劃并提出政策建議；對全市牧業發展和產業化建設及重大項目進行管理；對全市種畜禽生產經營許可證進行審批、發放和管理；對牧業科研和技術推廣項目進行審核和申報；負責牧業技術培訓和牧業經濟、技術信息的統計工作；負責牧業三級服務體系及專業合作經濟組織的建設和管理工作；指導、協調牧業行業協會和學會開展工作。貫徹執行保護草原方面的法律法規；對草種的生產、經營進行管理；負責草籽經營許可證的審核發放和管理工作；負責蛟河市草原防火指揮部辦公室日常工作。
（三）醫政藥政科。
貫徹執行動物防疫、獸醫藥政和飼料等方面有關法律法規；研究制訂全市動物防疫、獸醫衛生、獸藥和飼料行業等方面規劃和計劃并組織實施；負責動物防疫合格證、動物診療許可證、獸藥經營許可證的審批、發放和管理工作；對動物及動物產品進行獸藥殘留監控和質量安全監督管理；對獸醫醫政、獸藥藥政和藥檢及獸醫從業人員進行管理；監督檢查獸醫、獸藥標準執行情況；依法監督動物和動物產品的防疫、檢疫工作；負責動物疫情管理，組織指導預防和撲滅動物疫病及人畜共患病；負責動物防疫條件的審核管理工作；負責蛟河市防治動物重大疫病指揮部辦公室日常工作；負責飼料行業重大示范項目的管理和飼料工業的統計工作；組織實施飼料資源開發利用及飼料行業產品的質量檢測、監督工作。

下屬機構：　　動物衛生監督所（動物檢疫站）
對有關單位和個人遵守與執行《動物防疫法》及其配套法規、規章的情況，實施監督檢查和管理；負責對動物飼養場、屠宰廠、肉類聯合加工廠及其他定點屠宰場（點）等單位從事生產、經營活動是否符合規定的動物防疫條件進行審查和監督管理；依法對動物防疫工作進行監督；對動物、動物產品運輸依法進行監督檢查；負責動物防疫證、章、標志的審核、發放和管理；負責動物、動物產品防疫質量的技術監測、監督；對動物屠宰實施監督；辦理國內異地引進種用動物及其精液、胚胎、種蛋的檢疫審批手續；依法糾正、處理動物防疫違法行為；決定和實施動物防疫行政處罰。
動物疫病預防控制中心
負責擬定動物疫病預防控制規劃、措施和技術方案；組織實施動物免疫和重大動物疫情的撲滅工作；負責動物疫病實驗室診斷、疫病監測、疫情監測和免疫監測；負責組織動物流行病學調查，動物疫情收集統計、分析評價、預警預報和報告；負責動物疫病防治技術指導、技術培訓、科普宣傳；承擔獸醫行業職業技能鑒定工作。
畜牧總站（畜禽產品質量安全中心）
負責擬定畜禽繁殖改良中長期規劃和年度計劃，并組織實施；負責種畜禽質量監測，協助規范種畜禽生產經營秩序；負責優良畜禽品種的技術推廣、繁殖改良站（點）的業務指導和人員培訓；負責制定畜禽生產規范和標準，并組織實施；負責畜禽飼養環境測評；負責畜禽產品質量安全檢測與監督；負責組織本轄區內無公害畜禽產品產地認定和標準化生產技術推廣工作；承擔畜牧行業職業技能鑒定工作。
獸醫獸藥飼料監督所
負責對全市獸醫診療機構和從業人員的從業條件進行審核驗收，并對其進行監督管理。負責全市生產、經營、使用獸藥飼料質量檢測工作；負責對全市獸藥飼料生產、經營企業的獸藥飼料檢驗機構或人員的資格進行審查和業務培訓；負責對畜禽產品中獸藥殘留的監測工作；對獸用精麻藥品進行監控；協助畜牧獸醫行政管理部門對獸藥飼料生產、經營、使用環節進行監督管理等。
草原工作站（草原監理中心）
依法承擔全市草原保護的執法工作；負責查處破壞草原案件；負責對草原監理工作的指導、協調；負責草原法律、法規的宣傳和全市草原監理系統人員的培訓。協助有關部門協調和處理草原、草場所有權、使用權爭議。
鄉鎮街（區）畜牧獸醫站
負責實施動物免疫注射、疫情普查、疫情報告，協助市動物衛生監督機構實施產地檢疫和獸藥管理使用等獸醫工作；負責實施動物繁殖改良、技術推廣、飼料、草原管理等公益性工作。